El convent de Sant Francesc d'Assís, de frares menors recol·lectes, es va començar a construir el 1609 prop del torrent de Vallparadís i es va inaugurar l'any 1612.
No es disposa de gaire informació sobre la distribució interna de l'espai del convent. Hem de suposar que en la construcció inicial hi havia l'església, la sagristia, el claustre amb pis, les cel·les, el refectori acompanyat de l'espai de profundis (espai habitual dels convents franciscans, on es duia a terme una oració abans de cada àpat), la cuina, el celler, el rebost, la biblioteca, l'horta, els camps de conreu i una fàbrica de sargils, que proveïa les comunitats franciscanes de Catalunya. El conjunt es completava amb un porxo i un espai destinat a porteria.
Els elements que s'han conservat del convent, a banda de l'església, són el claustre i alguns espais del seu entorn. El claustre, atorga a les restes de l'antic convent de Sant Francesc una especial rellevància i excepcionalitat. L'espai claustral, de planta quadrada amb planta baixa i dos pisos, conserva a la planta baixa, sota les voltes d'aresta que el cobreixen, vint-i-sis plafons ceràmics policroms fets entre 1671 i 1673, l'autoria dels quals s'ha atribuït al mestre escudeller de Barcelona Llorenç Passoles. Pere de Fizes, castlà del Castell de Terrassa, és el promotor d'aquesta decoració on apareix el seu escut d'armes.
L'any 1835, amb l'exclaustració, la comunitat franciscana va abandonar el convent, que passà a mans de l'Ajuntament. Del 1840 al 1907 es van portar a terme diferents reformes i ampliacions a l'edifici: es va construir un nou pis a la zona del claustre, es va enderrocar l'antiga sagristia i s'hi va construir la presó de l'Estat. El 1869, el convent viu un fet cabdal, la instal·lació de l'Hospital i Casa de la Caritat de Sant Llàtzer.
A inicis del segle XX, i fins al 1989, l'edifici patirà més reformes, ampliacions i usos que el modificaran. Podem destacar les obres d'ampliació per part de Lluís Muncunill (1907) per construir l'edifici del Seguro Tarrasense que posteriorment passarà a acollir la Clínica del Remei. Darrerament, i després d'un període de desocupació des del 1989, les dependències encara conservades de l'antic convent són rehabilitades a proposta de la Fundació Sant Llàtzer per l'Ajuntament de Terrassa, a través de la Funerària Municipal. S'hi realitza una intervenció arqueològica que posa al descobert les fases constructives de l'edifici i la presència de ceràmica als carcanyols de les voltes situades a la planta baixa del claustre.
Totalment rehabilitat, avui el claustre del convent resta obert a tothom qui vulgui visitar-lo, i ara és una secció del Museu de Terrassa.
Programa decoratiu del Conjunt Ceràmic del Claustre (Llorenç Passoles, 1671-1673)
El programa decoratiu del conjunt ceràmic, que s'instal·là al claustre l'any 1673, mostra els següents temes:
Galeria oest: Conversió de Francesc de Bernardone
1. El naixement de Francesc en una establia
2. L'homenatge del mantell al jove Francesc
3. El somni de glòries militars
4. La primera visió de Crist crucificat
5. La Verge Maria lliura el Nen Jesús a Francesc
6. La renúncia als béns terrenals
Galeria sud: Aprovació i ampliació de l'orde
7. Plafó ornamental amb l'escut de Pere de Fizes
8. Els somnis del papa Innocenci III
9. Francesc enmig de Pere i Pau a Roma
10. La revelació del crucifix de sant Damiano
11. Confirmació de la indulgència plenària a la Porciúncula
12. La conversió de fra Pacífic
13. La temptació de la carn i de la família
Galeria est: Penitències i miracles del Pobrissó
14. Francesc bastonejat per diables i confortat per un àngel
15. La prèdica de Francesc a les aus i als peixos
16. La conversió de l'aigua d'un pou en vi
17. L'amor diví abrusa Francesc d'Assís
18. Francesc refrega el seu cos en uns esbarzers
19. Francesc exhibit nu pels carrers d'Assís
Galeria nord: Humilitat de Francesc
20. Plafó ornamental amb l'escut de Pere de Fizes
21. L'extrema humilitat del sant d'Assís
22. L'estigmatització de Francesc
23. La mort de Francesc i la seva recepció celestial
24. La visió de Francesc en un carro de foc
25. Francesc alliberant ànimes del purgatori
26. Descobriment del cos incorrupte de Francesc