1904. Llibre que conté les poesies d’en Francesc Pujols, amb un pròleg de Joan Maragall. Tobella & Costa, impressors. Barcelona.

1906. El Nuevo Pascual o la prostitución. (Sota el pseudònim d’Augusto de Altozanos.) Castells. Barcelona.

1906. El mal del separatismo catalán. Opuscle. (Sota el pseudònim d’Augusto de Altozanos.) Barcelona.

1918. Concepte general de la ciència catalana. Antoni López. Barcelona.

1919. La Catalunya pintoresca. (Amb dibuixos de Xavier Nogués.) Salvat-Papasseit llibreters. Barcelona.

1921. Recull d’articles de crítica artística. Publicacions de la Revista. Barcelona.

1921. L’evolució i els principis immutables. Llibreria Verdaguer. Barcelona.

1921. La religió i la moral. Antoni López. Barcelona.

1922. Llibre de Job. Traducció parafràsica. Llibreria Nacional Catalana. Barcelona.

1922. Medeia. Impremta A. López Llausàs. Barcelona.

1926. Història de l’hegemonia catalana en la política espanyola. R. Tobella, impressor. Barcelona.

1927. La visió artística i religiosa d’en Gaudí. Llibreria Catalònia. Fullet núm. 1. Barcelona.

1928. Catalunya i el Marroc. Llibreria Catalònia. Fullet núm. 2 Barcelona.

1931. La solució Cambó. Llibreria Catalònia. Barcelona.

1932. La rabassa morta. Impremta Porcar. Barcelona.

1934. El pintor Pidelaserra. Syra. Barcelona.

1935. Un llibre estel de Joaquim Cases-Carbó. Llibreria Catalònia. Barcelona.

1983. Concepte general de la ciència catalana. Editorial Pòrtic. Barcelona.

1983. Articles. Edició d’Enric Cassany. Quaderns Crema. Barcelona.

1996 i 2002. La visió artística i religiosa d’en Gaudí. Quaderns Crema. Barcelona.

2003. Hiparxiologi. Llibres de l’Índex. Barcelona.

2004. Llibre que conté les poesies d’en Francesc Pujols, amb un pròleg de Joan Maragall (i un epíleg d’Enric Casasses). Quaderns Crema. Barcelona.

2005. La tardor barcelonina. Edició d’Enric Casasses i introducció de Joaquim Auladell. Llibres de l’Índex. Barcelona.

2005. El Nuevo Pascual o la Prostitución. Pròlegs de Quim Monzó i Artur Bladé Desumvila. Edicions i Propostes Culturals Andana. Vilafranca del Penedès.

2005. La solució Cambó. Pròleg d’Enric Vila. L’Esfera dels Llibres. Barcelona.

2007. El llibre de Job. Presentació d’Anton M. Espadaler. Edicions i Propostes Culturals Andana. Vilafranca del Penedès.

2007. El mal del separatismo catalán. Presentació de Manuel Jorba. Publicat per la Fundació Francesc Pujols. Martorell.

2008. Francesc Pujols: llums i ombres. Introducció de Manuel Jorba. Edicions i Propostes Culturals Andana. Vilafranca del Penedès.

L’any 1922 va fer tres adaptacions a l’escena lírica: El castell dels tres dragons i El ferrer de tall, de Serafí Pitarra (Frederic Soler). Salvador Bonavia llibreter. Barcelona. Don Joan de Serrallonga, de Víctor Balaguer. Salvador Bonavia llibreter. Bacelona.

Cal destacar un parell d’obres que no va escriure directament Francesc Pujols, però que recullen les seves idees, la seva filosofia, la seva vida, etc., a partir de converses mantingudes amb els autors: El sistema de Francesc Pujols. Manual d’Hiparxiologia, de Josep Pla. Llibreria Catalònia. Barcelona, 1931. Francesc Pujols per ell mateix, d’Artur Bladé Desumvila. Editorial Pòrtic. Barcelona, 1967, reeditada recentment per Brau Edicions (2006).

Per altra banda hi ha la seva gran producció d’articles en diverses publicacions de l’època: Arts i Bells oficis, Catalans, Catalunya, Destino, El Día, El Día Gráfico, Diari de Catalunya, L’Esquella de la Torratxa, Meridià, Mirador, Las Noticias, Papitu, Picarol, El Poble Català, El Productor Literario, La Publicitat, La Revista, Revista Nova, La Terra, La Vanguardia, Vell i Nou, La Veu de Catalunya, etc.

També va intervenir en altres obres i edicions, i va dur a terme traduccions, adaptacions, pròlegs, presentacions, conferències, etc.