El 14 de desembre de 1986 es va constituir l'AMEI (Assemblea Municipal de l'Esquerra Independentista), arran dels contactes que el Moviment de Defensa de la Terra (MDT) va iniciar amb diversos col·lectius locals per mirar de bastir i coordinar candidatures que concorreguessin a les eleccions municipals de juny del 1987.

Va ser l’AMEI qui, a més d’agrupacions d’electors amb diversos noms, va impulsar la fórmula CUP (Candidatura d’Unitat Popular). Així, a les eleccions municipals de 2007 ja es van presentar Candidatures d’Unitat Popular a llocs com Salt, Premià de Mar o el Masnou, municipi on es va assolir el primer regidor amb la sigla CUP.  

Durant els quatre anys següents, malgrat els intents de l’Estat i de la direcció d’ERC de liquidar l’Esquerra Independentista en tots els fronts, el projecte de l’AMEI va experimentatr un creixement. Aquest creixement es va manifestar en un augment tant dels nuclis CUP com del nombre de candidatures en què participaven persones o col·lectius que estaven vinculats a l’AMEI. Així, a les eleccions municipals de 1991, es van presentar noves  Candidatures d’Unitat Popular a Alcanar, Argentona, Banyoles, Manresa, Valls, Vilafranca del Penedès o Vilassar de Dalt i a dues capitals de comarca, Banyoles i Valls, es va aconseguir entrar a l’Ajuntament. 

La crisi de l’Esquerra Independentista posterior als anys 1991-1992 va afectar la línia ascendent de l’AMEI, la qual cosa es va traduir sobretot en la desaparició d’algunes CUP creades abans de 1991.

El desembre de 1998, un grup de persones vinculades a les CUP de Biosca, Manresa, Navarcles, Sabadell, Salt, Torà i Valls i a la UM9 de Sant Pere de Ribes van iniciar un procés de rellançament de l’AMEI. Aquest procés va tenir una primera concreció en l’elaboració d’una  definició política i en la presentació de candidatures a les eleccions municipals del 1999.

El novembre del 2000 es va celebrar a Manresa una trobada nacional de l’AMEI, en què es va ratificar la definició política i es va traçar un pla de treball per als propers tres anys, els objectius principals del qual eren augmentar el nombre de CUPs i elaborar un programa marc per a les eleccions del 2003 a partir de debats temàtics que celebrarien a diferents poblacions. 

Aquests programa s'aprovaria en una nova trobada nacional celebrada el juny de 2002. En aquesta mateixa reunió es va explicitar el suport de totes les organitzacions de l’Esquerra Independentista (Endavant, Maulets, MDT i PSAN) al projecte de les CUP. Tot aquest treball intern i extern culminarà en la creació de noves CUP i en l’entrada el 2003 als consistoris de dues capitals comarcals, Valls i Vilafranca del Penedès.

En els anys segünets, la CUP va experimentar un creixement ininterromput sobretot al Principat. Aquest creixement va acabar substituint i ocupant l’espai polític de l’AMEI, que desapareixerà. Aquesta fet va obligar a una primera reestructuració organitzava de la Candidatura d’Unitat Popular, que en aquesta fase encara funcionarà fonamentalment com una coordinadora de col·lectius locals. D’altra banda, s’aprofundirà en l’elaboració del programa marc augmentant el nombre de debats temàtics. 

Tots aquests avenços fructificaran a les eleccions muicipals del maig del 2007, en què la CUP va assolir els millors resultats electorals de la seva història i representació als ajuntaments de quatre noves capitals comarcals (Berga, Mataró, Vilanova i la Geltrú i Vic).

Després de l’èxit electoral del maig de 2007, la CUP va continuar la seva expansió territorial. Paral·lelament, es va iniciar un procés assembleari per dotar-se d’uns estatuts i d’una línia tàctico-estratègica, unes demandes que el creixement del projecte feien inajornables. Així, el juliol de 2008 s’aprovaran els nous estatuts, que reforcen el caràcter assembleari d’una organització que deixa de ser una coordinadora de nuclis locals.

Sis mesos més tard, el gener de 2009, es va aprovar la ponència La CUP, l’alternativa necessària, que fixa les bases per al desplegament del projecte de la CUP com una organització política nacional que, a més del municipal, pretén intervenir i incidir en tots àmbits de la lluita política.