La nau central de la basílica sorprèn per la sobrietat de les voltes gòtiques i contrasta amb la decoració neoclàssica i neogòtica de les capelles laterals i l’altar. A cadascun dels sis trams de la nau li correspon una capella per banda i sobre la línia de capelles hi ha un finestral. Les capelles laterals i els corresponents altars van ser sufragats per personatges il•lustres o per confraries gremials, els quals establien un benefici i acostumaven a obtenir el dret de sepultura. Els escuts nobiliaris i els distintius gremials de molts d’aquests protectors es conserven en els murs i en el sòl de l’església.
La primera capella del costat de l’Evangeli es va prolongar al segle XVII amb l’afegitó d’una volta de creueria: està dedicada a la Mare de Déu de l’Esperança. Segueixen la capella del Sagrat Cor, la de Sant Pacià (amb les relíquies d’aquest bisbe del segle IV) i la de Sant Frederic. El 18 de juliol se celebra la festa de sant Frederic. Aquest dia, l’any 1936, l’altar estava engalanat amb flors i preparat per a una litúrgia eucarística que no es va poder celebrar fins tres anys més tard, després de la guerra. Corre una versió dels fets que diu que el sagristà, veient que venia un piquet a cremar l’església, va cremar alguns bancs a la plaça i va tancar l’església indicant que la feina de destrucció ja estava feta. Una altra versió explica que els mossos d’esquadra van ser a temps de segellar les portes de l’església i barrar així l’entrada a l’escamot anarquista. Com ja hem dit, aquesta església, la catedral i l’església de Sant Sever van ser les esglésies que no es van cremar, segurament també per la seva proximitat al Palau de la Generalitat.
La cinquena capella del costat de l’evangeli s’obre pel fons a la capella del Santíssim per una reixa de ferro forjat d’inicis del segle XX decorada amb motius eucarístics i emmarcant un vidre decorat per Perico Pastor amb els tres productes de la terra utilitzats en els sagraments de l’Església: blat, vi i oli. Aquesta capella, oberta el 1705, ha estat reformada en diverses ocasions i en l’actualitat està dedicada a la memòria dels màrtirs del segle XXI. La presideix la icona dels nous màrtirs i dels testimonis de la fe del segle XX, pintada a Roma en el laboratori iconogràfic de la Comunitat de Sant’Egidio. La icona representa la història dels testimonis de la fe dels segles XX i XXI fins a temps recents a la llum d’una reflexió teològica centrada en el llibre de l’Apocalipsi. La icona original amb aquests motius es pot contemplar a la basílica de Sant Bartomeu, a l’illa Tiberina de Roma, lloc del memorial dels nous màrtirs dels segles XX i XXI. Benet XVI ha dit que aquests innombrables homes i dones testimonien “la força de l’amor, inerme i victoriós tot i l’aparent derrota”. S’hi poden reconèixer entre d’altres: Monsenyor Óscar Romero, assassinat a El Salvador mentre celebrava l’eucaristia; els màrtirs als camps de concentració de les illes Solovki; el beat Ceferino Malla, màrtir gitano mort durant la guerra civil espanyola, entre d’altres.
La Capella de Sant Feliu guarda el retaule de la Santa Creu, obra magnífica de Pere Nunyes, pintat entre 1525 i 1530. Mereix una atenció especial a la plana següent.
Al costat de la capella de Sant Feliu hi ha la sagristia construïda per Joan Blai l’any 1584. El portal, obra de Jeroni Gallart, és de l’any 1643 i conserva a la seva esquerra un dels capitells visigòtics reutilitzat com a pica d’aigua beneïda. A l’interior de la sagristia es conserva mobiliari del segle XVIII i es poden veure, com hem indicat, les restes de la pica baptismal del segle VI assentada sobre dos murs romans i encaixonada entre dos murs gòtics.
La porta posterior de la basílica és de factura gòtica. Des de 1342, data en què es va començar a construir l’església, fins a la segona meitat del segle XIX, el seu absis estigué alliberat de qualsevol construcció que l’encaixonés. Els actuals carrers de rere Sant Just i Hèrcules formaven un únic carrer de Sant Just, que donava la volta a la basílica pel costat occidental.
Continuant el gir de l’interior de l’església trobem l’altar del Purgatori i les capelles dedicades a la Mare de Déu de la Mercè, a sant Josep, a sant Antoni de Pàdua i al Cor de Maria. La capella dedicada a la Mare de Déu del Carme té, a les columnes de l’entrada, dues escultures gòtiques policromades dels apòstols Pere i Pau. La darrera capella està dedicada a Sant Llorenç i té una imatge jacent de Sant Francesc Xavier sota l’altar. Al costat de les portes de l’església hi ha dues capelles: el baptisteri i la capella de la Mare de Déu de la Gleva i de Sant Pancraç, amb les imatges de Santa Llúcia i Santa Lutgarda.