El Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles és situat a l'edifici de la Pia Almoina, un palau gòtic del segle XIV, que fou a la vegada seu del Consell de la Vila medieval (l'antic Ajuntament) i també casa d'Almoina o Caritat per als pelegrins i per als pobres de la vila.

Aquest edifici es va construir sobre cases més velles, del segle IX fins al XII bàsicament, d'estil pre-romànic i romànic. L'element arquitectònic més destacable és sens dubte la galeria gòtica central i la sala major del Consell, que estaven adornades amb pintures en vermell, groc i negre (motius geomètrics, zoomorfs i una figura humana asseguda) d'aquesta mateixa època (s.XIV). Només s'han conservat unes poques restes d'aquestes pintures, a la sala major del palau.

En el vestíbul de la Pia Almoina, que és per on s'entra al museu, s'hi han aplegat a la dreta diverses peces procedents de l'antic monestir benedictí de St. Esteve de Banyoles. Són destacables els capitells romànics (s. XI), provinents del primer claustre, enderrocat pels terratrèmols de 1452, i les primitives piques baptismals, una pre-romànica d'immersió (s.IX-X) i l'altra romànica (s.XI).

A l'esquerra del vestíbul i sota l'arc del pati central s'hi poden observar altres elements arquitectònics medievals procedents de la mateixa vila o de la comarca. Entre ells cal destacar les dues piques baptismals de Pujals dels Pagesos, una preromànica d'immersió, molt similar a la del monestir, i la segona romànica.